В 1954 году началось строительство Самаркандского Суперфосфатного Завода, которое осуществлялось Ташкентским строительным трестом №32. Строительство завода осуществлялось в составе цехов и служб: сернокислотного, суперфосфатного, кислородного, РМЦ и водоцеха с системой водонасосных станций, большой сетью водопровода, сети подъездных путей с двумя ж.д. станциями, магистральной станцией – Суперфосфатной и станцией – Заводская. Построена автомобильная дорога, сеть канализации и много других служб бытового и производственного назначения. Впервые в СССР на Самаркандском Суперфосфатном Заводе было осуществлено строительство цеха по получению серной кислоты контактным способом с расположением основных аппаратов без сооружений зданий. Опыт Самаркандского Суперфосфатного Завода показывает, что при тщательной разработке условий эксплуатации и ремонта, аппаратура сернокислотных цехов может работать на открытом месте. Это значительно снижает капитальные затраты на строительство цехов и монтаж оборудования, облегчает устройство вентиляции, удаление вредных газов и избыточного тепла. Основным назначением Самаркандского Суперфосфатного Завода являлось производство минеральных удобрений для нужд хлопкосеющих республик Средней Азии. В 1955 году введен в эксплуатацию суперфосфатный цех.

В «Основных направлениях развития народного хозяйства СССР на 1976-1980 гг.» предусматривалось значительное увеличение производства минеральных удобрений, к 1980 г. оно достигло 143 млн. тонн. Ускоренными темпами рос выпуск концентрированных и сложных удобрений. Важнейшим видом таких удобрений являлся аммофос. Поэтому, производству аммофоса уделялось большое внимание. XXIV съездом КПСС было принято решение о расширении и реконструкции Самаркандского Суперфосфатного Завода. В основу реконструкции вошло строительство комплекса аммофоса, в состав которого вошли следующие основные цеха:

1. Цех серной кислоты
2. Цех экстракционной фосфорной кислоты
3. Цех аммофоса
<>В сентябре 1976 года была освоена проектная мощность комплекса аммофоса.
23 ноября 1978 года аммофосу, выработанному Самаркандским Суперфосфатным Заводом, присвоен Государственный Знак качества.
С апреля 1980 года согласно приказа Совета Министров Узбекской ССР №217 от 07.04.1980 г. до 29 октября 1990 г. именовался "Самаркандский Химический Завод им XXV Съезда КПСС".
В 1984 году введен в действие цех экстракционной фосфорной кислоты 3 очереди строительства мощностью 136,4 т.т. фосфорной кислоты в год.
В 1994 году из-за прекращения поставок фосфатного сырья из Казахстана, вторая очередь завода была переориентирована на выпуск гранулированного сульфата аммония.
Разработчиками нового вида удобрения АФУ являются специалисты предприятия, проектный институт «Узкимесаноатлойиха».
Согласно Постановления Совета Министров Узбекский ССР от 29.10.1990 г. №349 Самаркандский химический завод им. XXV съезда КПСС Министерство минеральных удобрений СССР от 01.11.1990 г. стал именоваться Самаркандский химический завод Узбекского Государственного Концерна химической промышленности.
На основании Постановления Кабинета Министров Республики Узбекистан за №156 от 29.06.1994г. – с 01.07.1994 г. подчинялся объединению Ассоциации «Узхимпром».
С 15 марта 2001 г. согласно Постановления Кабинета Министров Республики Узбекистан за №124 от 13 марта 2001 г. «Узхимпром» был преобразован в Государственную Акционерную Компанию «Узкимёсаноат».
С 01 декабря 2005 г. на основании приказа №105–К от 14.1.2005г. Госкомимущества Республики Узбекистан Самаркандский Химический Завод был преобразован в Акционерное Общество «Самаркандкимё».
В соответствии с Постановлениями Президента Республики Узбекистан №4265 от 03 апреля 2019 года и КМ Республики Узбекистан №61 от 05 февраля 2020 года «О мерах по реализации инвестиционного проекта «Строительство химического комплекса по производству комплексных минеральных удобрений в Самаркандской области» на базе АО «Самаркандкимё» реализовывается инвестиционный проект «Строительство химического комплекса по производству комплексных минеральных удобрений в Самаркандской области».
В настоящее время, согласно договора купли-продажи №312/108 от 03 апреля 2020 по «нулевой» выкупной стоимости, 100 % акций в уставном капитале АО «Самаркандкимё» под инвестиционные и иные обязательства перешли компании «Ferkensco Management Limited» (Кипр).
В связи с этим, на сегодняшний день компанией «Ferkensco Management Limited», на территории АО «Самаркандкимё» реализовывается инвестиционный проект по производству комплексных минеральных удобрений в объёме 910 тыс. тонн в год, из них 370 тыс.тонн MAP и 540 тыс.тонн NPK, также планируется создание не менее 500 новых рабочих мест из числа граждан Республики Узбекистан. Срок завершения строительства запланирован на 01 июля 2023 года.